Des gènes de bactéries résistantes aux antibiotiques s'infiltrent dans les aliments : ce phénomène a été découvert dans plus de 2 000 échantillons d'aliments transformés en Europe.

Une étude récente publiée dans la revue Nature Microbiology a confirmé quelque chose qui n’avait pas été documenté de manière très détaillée jusqu’à présent : la chaîne de production alimentaire regorge de gènes qui aident les bactéries à résister aux antibiotiques.

La recherche a été menée par des scientifiques du CSIC en collaboration avec d’autres centres européens et a analysé plus de 2 000 échantillons prélevés à différentes étapes du processus de production , des matières premières aux aliments emballés (comme le lait, la viande, le poisson, le fromage et les légumes) , ainsi que les surfaces et les outils utilisés dans les usines.

Au total, 100 entreprises de plusieurs pays européens ont participé , dont une grande partie est située dans les régions espagnoles de León et des Asturies.

Les chercheurs ont découvert que plus de 70 % des gènes connus qui rendent les bactéries résistantes aux antibiotiques sont présents à un moment ou un autre de la chaîne alimentaire . Cependant, ils n'apparaissent pas tous avec la même fréquence : seuls certains sont plus fréquents dans les échantillons analysés.

Parmi les gènes les plus fréquemment répétés figurent ceux qui permettent la résistance aux antibiotiques tels que les tétracyclines , les bêta-lactamines, les aminosides et les macrolides. Ces médicaments sont essentiels pour traiter les infections chez l'homme et l'animal.

Une autre découverte inquiétante est que plus de 60 % des échantillons analysés – qui comprenaient des aliments, des surfaces de travail et des outils – contenaient au moins un gène de résistance à ces médicaments.

Des espèces indigènes des environnements alimentaires ont également été identifiées, telles que Staphylococcus equorum et Acinetobacter johnsonii , qui sont traditionnellement associées aux processus de fermentation ou à la manipulation des plantes.

Une découverte significative indique que près de 40 % de ces gènes sont liés à des éléments génétiques mobiles – plasmides et transposons – qui facilitent le transfert horizontal entre bactéries, même d'espèces différentes. Cela augmente le risque de propagation de la résistance au sein de l'industrie et auprès des consommateurs.

L'étude a analysé l'évolution du résistome tout au long de la chaîne de production. Dans les phases initiales – matières premières et premières étapes de production –, les gènes liés aux micro-organismes présents dans l'environnement ou dans l'aliment lui-même prédominent . Cependant, dans les produits en cours de maturation ou de fermentation, les gènes associés aux bactéries spécifiques au processus de production (par exemple, S. equorum) tendent à supplanter ceux des phases initiales.

Une fois prêts à la consommation, les produits présentent un profil de résistomisme plus proche de la manipulation humaine , avec des gènes de bactéries ESKAPEE, ce qui met en évidence les points critiques de contamination lors de l'emballage et de la manipulation.

Sur la base des résultats, les chercheurs suggèrent que l’ajustement des protocoles de nettoyage dans les usines alimentaires — par exemple, en révisant comment et à quelle fréquence les lignes de production sont désinfectées entre les lots — pourrait aider à réduire la présence de gènes de résistance dans les produits.

Ils suggèrent également qu'il serait utile d'accorder une attention particulière à certaines zones, comme les emballages , où les bactéries du groupe ESKAPEE ont été détectées le plus fréquemment. La surveillance de ces espaces et des équipements qui y sont utilisés pourrait être essentielle pour prévenir la contamination en fin de processus , juste avant que les aliments n'atteignent le consommateur. Bien que l'étude se concentre sur l'Europe, ses conclusions pourraient servir de guide à l'industrie alimentaire mondiale.

La recherche ouvre également la possibilité de développer des indicateurs microbiens spécifiques , basés sur l’abondance de certains gènes, pour évaluer l’efficacité des protocoles de nettoyage en temps réel.